Embora, a distinção de procariontes e eucariontes seja creditada a uma publicação de Eduard Chatton, em 1925 (apesar dele não enfatizar esta distinção mais do que outros biólogos de seu tempo), ela não foi notada até 1982.Barkley, em 1939, criou o reino Monera dividindo-o entre arqueófitas (Archeophyta), hoje chamadas de Cyanobacteria, e esquizófitas (Schizophyta), um termo que foi muito usado pelos botânicos para se referir as bactérias. Roger Stanier e C. B. van Niel acreditavam que as bactérias (termo que na época não incluía as cianobactérias) e as algas cianofíceas tinham uma única origem, uma convicção que culminou no trabalho de Stainer de 1970, “Eu penso que é agora muito evidente que algas azuis-esverdeadas não são distinguíveis das bactérias por nenhuma característica fundamental em sua organização celular”. Outros pesquisadores, como Ernst Pringsheim Jr., em 1949, suspeitavam de origens distintas para bactérias e algas cianofíceas. Em 1974, o Bergey's Manual publicou uma nova edição cunhando o termo cianobactéria para se referir as então algas cianofíceas ou algas azuis, marcando a aceitação deste grupo dentro dos Monera.
Em 1969, Robert Whittaker, publicou o sistema de cinco reinos para a classificação dos seres vivos. O sistema de Whittaker colocou quase todos os seres unicelulares ou no grupo procarionte Monera ou no grupo eucarionte Protista. Whittaker, entretanto, não acreditava que todos os seus reinos fossem monofiléticos.
Em 1977, Carl Woese e George Fox demonstram que as arquéias (inicialmente chamadas de arqueobactérias) e bactérias não aparentam ser mais próximos um do outro do que dos eucariontes. Inicialmente muito controversa, a hipótese tem sido bem aceita, e o antigo reino Monera foi substituído pelos reinos Eubacteria e Archaea.Estes dois grupos podem ainda ser tratados como sub-reinos, mas a maioria dos novos esquemas taxonômicos tendem a tratar Bacteria ("Eubacteria") e Archaea como domínios e/ou reinos distintos.
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